Des députés de l'opposition ont pris publiquement position contre ces pratiques et ont posé des questions écrites à ce sujet au ministre de l'Éducation nationale, dénonçant notamment des contenus présentés comme pédagogiques, mais présentant en réalité une vision partielle du droit et faisant la promotion de produits et services en violation du principe de neutralité scolaire.

Ainsi Patrick Bloche, député PS, à propos de l'opération “Internet + Sûr” :

« (...) il est fort regrettable que, sous couvert de prévention et de pédagogie autour de la sécurité informatique, cette campagne nationale soit l'occasion d'une opération commerciale d'envergure au profit de la société Microsoft, de surcroît sous l'égide du Ministère de l'Education nationale.

Ce sont en effet des centaines de milliers de documents pédagogiques (bandes dessinées à destination des enfants et des adultes, guides et autres plaquettes), où les logos et les marques de Microsoft sont omniprésents, qui ont été distribués dans les écoles. Et ce sont également quelques 150 « ambassadeurs sécurité », employés de Microsoft France, qui se sont déplacés dans les établissements scolaires, y compris dans les maternelles. Quant au site « protegetonordi », créé spécifiquement pour cette campagne, l'empreinte de Microsoft y est totale puisque les parents sont invités à utiliser des produits Microsoft, à s'abonner à MSN Premium ou encore à donner de l'argent de poche à leurs enfants pour qu'ils puissent se rendre sur MSN Music. »

Le site protegetonordi a depuis été modifié (les références au service MSN ont disparu) et le gouvernement a répondu le 19 décembre 2006 que cette opération était « en accord avec le “code de bonne conduite des interventions des entreprises en milieu scolaire” régi par la circulaire n° 2001-053 du 28 mars 2001, qui stipule que “l'entreprise peut être autorisée à signaler son intervention comme partenaire dans les documents remis aux élèves... et faire apparaître discrètement sa marque sur ces documents” ».