Les opposants à ce projet dénoncent une concentration des pouvoirs au niveau de l'OEB, qui ainsi deviendrait autonome du pouvoir politique pour faire évoluer la législation sur les brevets, et de l'autorité judiciaire pour juger de leur validité. Concrètement, l'OEB serait en mesure de faire breveter n'importe quel type d'invention, sans qu'aucun recours contre ses dérives ne soit possible.

Le Parlement européen, dans une résolution du 12 octobre 2006, s’est inquiété de ce que « le texte proposé requerrait d’importantes améliorations pour répondre aux préoccupations concernant le contrôle démocratique, l’indépendance judiciaire et le coût des litiges et une proposition satisfaisante pour le règlement de procédure du tribunal de l’EPLA ».

Ainsi, il pourrait être envisagé comme alternative au projet de la Commission que les offices de brevets se concentrent sur le maintien d’un registre des demandes de brevets, sans réaliser eux-mêmes d’examen. Les recherches en antériorité et sur l’inventivité des demandes de brevets seraient confiées à des agences privées. La responsabilité de revendiquer des inventions justifiant l’octroi d’un brevet incomberait aux déposants. Si l’examen d’une agence privée révélait à juste titre l’invalidité d’un brevet, le coût des recherches et d’éventuels dommages et intérêts devraient être réglés par le détenteur fautif, selon un principe de pollueur/payeur. Ces agences offriraient leurs services, dans un marché concurrentiel, tant aux déposants pour garantir que leurs revendications sont fondées, qu’à d’éventuels opposants désirant prouver l’invalidité d’un brevet.

Le jugement de la validité ou non d’un brevet serait rendu par des tribunaux publics, et non, comme le propose l’EPLA, par une cour centralisée dont les juges seraient fortement liés aux offices des brevets. Au lieu de créer une supra-juridiction centralisée, au sein d’une Europe non dotée d’une constitution capable de garantir l’équilibre des pouvoirs, une coopération judiciaire décentralisée serait mise en place de manière similaire à celle instituée par le programme de La Haye. Cette solution bénéficierait de la garantie des constitutions souveraines des États y participant.